浙江省海洋水产养殖研究所始建于1953年，前身是温州水产技术指导站，1958年在温州地区水产研究所的基础上更名为浙江省海洋水产研究所温州分所，1986年12月，经浙江省人民政府批准，正式升格为“浙江省海洋水产养殖研究所”。研究所座落于浙南温州，是一所拥有50余年海洋与渔业科学研究历史，多学科综合性的省属公益性重点科研机构。建所伊始，主要从事渔业资源和环境的调查研究和海水苗种繁育、养殖技术的研究和推广。经过50多年的发展，现已由建所初期较单一的学科，发展为集海水增养殖技术、海洋生物与遗传育种、海洋生物渔业资源与生态修复技术、水产养殖病害及生物技术、海岸带环境及涉海工程的评估及监测评价等五大学科，涵盖三十余个研究方向，形成了优势突出、多学科并进的科研体系。

    全所实有编制85人，现有在职人员60人，其中科研人员43人，包括正高职称4人，副高职称11人，其中，博士学位2人，硕士学位12人，45岁以下的青年科技人员15人，35岁以下青年科技人员25人，具有国外进修经历的科研人员占科研人员总数的34.6%。拥有浙江省151人才、温州市专业技术拔尖人才、温州市551人才、享受政府特殊津贴共6人。在各个研究领域拥有学科带头人和骨干技术力量，并形成了由博士、硕士等组成的中青年科技梯队。另聘有曹文宣院士等国内外高级顾问和客座研究员7人。

    所内机构设有国家级泥蚶原种场、中国水产科学研究院海洋贝类研究室、中泰海洋技术联合实验室、水产增养殖研究室、海洋资源与环境研究室和病害与生物技术研究室等科研部门。在后勤管理方面，设有科技办公室、党政办公室和计划财务科。

在科技创新体系方面，我所着力构建科技创新平台，设有乐清清江、洞头胜利岙和龙湾永兴三大科研基地，积极开展海洋与渔业技术推广、咨询、服务及培训和合作教育等社会公益性工作，承担建设“浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室”()，与泰国东方大学共建“中泰海洋联合实验室”，与温州医学院共建海洋生物技术实验室。所标本室拥有包括鱼类、藻类、软体动物、甲壳动物等四大类、50个门的标本848种，其中鱼类375种，大型藻类104种，贝类206种，甲壳类172种，是浙南地区品种最为齐全、最具研究价值的标本室。所图书馆藏书达2万册，涉及海洋资源、生物、水化、养殖、加工等系列学科，并编辑发行《浙江海水养殖》专业期刊。我所科研人员迄今已在国内海洋与水产核心期刊上发表论文200余篇。在“十五”全国农业科研机构综合科研能力评估中，我所跻身百强之列。

    清江基地地处乐清湾底清江南岸，占地55亩，始建于50年代，拥有各类室内试验水池6000多立方米，室外养殖面积20余亩，建有饵料生物培养、苗种繁育、水质检测及病害防治等各类实验室，是我所最早创建的水产研究实验基地，也是省内海水养殖重要的科研中心。

    龙湾永兴基地位于龙湾围垦区内，占地面积280亩，是我所新建的现代化实验基地，建筑面积10000平方米，可控温室3500平方米，各类实验室200平方米，高标准养殖试验塘10口，生态净化蓄水塘2口，高位精养塘5口。基地内配套设施齐全，设计理念先进，是我所新建的融科研开发、技术培训、成果推广示范等为一体的综合性现代化实验基地。主要开展滩涂贝类、虾蟹类苗种培育和高效生态健康养殖及全程监控养殖模式等研究开发。

    洞头基地位于洞头本岛胜利岙，占地面积25亩，主要开展鱼类、贝类名特优新品种引进繁育、浅海养殖和藻类品种研究开发，是我所开展公益性服务和产、学、研结合的科技研发中心。基地内建筑面积4300平方米，可控温室2000平方米，配套设施先进，与上海水产大学共建海藻研发中心，为省级鱼、贝类名优品种繁殖基地。

    建所以来，先后承担了国际和国家级、省部地市级科研项目137项，取得了70余项科研成果，获得国家及有关部门奖励50余项，其中“紫菜人工养殖研究”获全国科学大会奖，中国对虾全人工育苗技术的研究获省政府一等奖，缢蛏“围塘整涂附苗技术”获省政府科技成果二等奖，“日本真牡蛎人工育苗和增养殖技术”获省政府推广二等奖、农业部科技进步三等奖，“泥蚶全人工养殖技术开发和推广” 获国家海洋创新二等奖、省政府科技进步二等奖，“文蛤大规格苗种生产技术研究” 获国家海洋创新奖二等奖、省政府科学技术三等奖。尤其是在海洋经济贝类的增养殖研究等方面处于国内领先地位，缢蛏、泥蚶、文蛤等贝类增养殖、海虾淡化养殖等一大批原创性研究成果解决了行业的发展瓶颈并得以广泛推广应用，为我省海水养殖业的发展、渔区产业结构的调整、增加农民就业、促进沿海渔（农）民增收致富做出了积极贡献，取得了显著的经济、社会和生态效益。2006年9月，在首次“全国海洋科学技术大会”上，我所被国家海洋局、科技部联合授予“全国海洋科技先进集体”荣誉称号，是浙江省唯一获此殊荣的科研单位。

    目前在研项目有：联合国开发计划署（UNDP）项目“中国南部沿海生物多样性管理”、独立主持国家“863”计划课题“饵料微藻的异养－光自养串联培养技术研究”、协同主持国家863计划“蛤、蚶、蛏抗逆品种选育”项目、农业部公益性行业科研专项“对虾现代产业技术体系研究与建立”、国家海洋局“我国近海海洋综合调查与评价”（908项目）子课题、国家海洋局“高纬度红树林研究和开发项目”、国家科技支撑计划课题“东海区滩涂贝类健康养殖及质量安全控制技术研究”、国家科技部 “水产种质资源标准化整理、整合与共享”项目，以及渔业资源修复研究、贝类鱼类增殖放流研究、水产生物技术应用研究、优良新品种遗传培育、水产健康养殖集成技术研究、贝类净化加工研究等项目86项，省部级以上项目48项，取得了显著的经济、社会和生态效益。

    长期以来，通过定期外派科研人员赴国外进修和引进国外专家智力等“走出去”和“请进来”的方式，加强国内外学术交流和合作，拓展交流渠道、拓宽合作空间，科研联合攻关和协作取得良好成效，人才队伍建设取得稳步进展。

    国外与美国、英国、法国、挪威、丹麦、荷兰、日本、澳大利亚、泰国、韩国、朝鲜、阿拉伯联合酋长国、利比亚、巴西、沙特阿拉伯、印度尼西亚、牙买加等国家与地区20多个有关机构建立了合作关系，国际科技合作、学术交流与人员互访频繁、活跃。

    国内与中国科学院海洋研究所、国家海洋局第二、第三海洋研究所、北京大学、清华大学、中国海洋大学、西北林业大学、浙江大学、厦门大学、大连水产学院、宁波大学、温州医学院、香港大学等有关研究机构和大学保持着长期和紧密的合作关系。设有北京大学、清华大学等大院名校的研究生科研工作站，同温州医学院签定了全面与紧密合作协议，双方形成了资源共享、互利共赢的良好关系。